Paghahanda ng pasyente para sa endoscopy, maaaring may ilang mga tampok, depende sa likas na katangian ng pag-aaral (nakaplanong o emergency), pati na rin ang pangkalahatang kondisyon ng pasyente. Sa binalak na endoscopy, ang pasyente ay hindi dapat kumain ng hindi bababa sa 4 na oras bago ang pag-aaral.