Ang mga komplikasyon mula sa biliary tract pagkatapos mag-transplant sa atay ay bumuo sa 10-20% ng mga kaso. Kasama sa mga ito ang mga mahigpit, ang daloy ng apdo, fistula at cholangitis. Maaaring may anastomotic strictures dahil sa mga teknikal error, dahil sa pag-expire ng apdo pamamaga at fibrosis at tuligsa, non anastomosis, anastomosis binuo sa itaas ng gate sa direksyon ng ang atay na sanhi sa ilang mga kaso ischemia ducts.