Ang causative agent ng tick-borne viral encephalitis ay nabibilang sa genus Flaviviruses. Ang virion ay may spherical na hugis, isang lapad na 40-50 nm, ay naglalaman ng RNA, ay nagpaparami sa maraming kultura ng tissue. Mula sa mga hayop ng laboratoryo ang mga puting mice, hamsters, monkeys, mga daga ng cotton ay pinaka sensitibo sa virus. Nakakapagdudulot ng tick-borne encephalitis virus at maraming mga domestic na hayop.