Ang encephalitis sa bulutong-tubig ay isang malubhang nakakahawang-allergic na sakit. Ang encephalitis sa bulutong-tubig ay bubuo sa ika-3-7 araw pagkatapos ng paglitaw ng pantal. Bihirang, ang encephalitis ay nangyayari sa ibang araw o sa pre-exanthema period. Ang hyperthermia, comatose state, convulsions, meningeal symptoms, pyramidal at extrapyramidal disorder ay nangyayari.