Ang pagtukoy sa causative agent ay mahalaga upang kumpirmahin ang diagnosis ng pneumocystosis. Ang pangunahing materyal para sa pag-aaral - plema, bronchial secretions, washes nakuha sa pamamagitan ng paghuhugas ng bronchi o bronchoalveolar lavage, baga tissue hiwa kinuha sa pamamagitan transbronchial, percutaneous o bukas biopsy. Kadalasan, dahil sa matinding kondisyon ng pasyente, ang mga manipulasyong ito ay hindi ginagawa upang maiwasan ang mga komplikasyon.