Ang pagtuklas ng pathogen ay napakahalaga para sa pagkumpirma ng diagnosis ng pneumocystosis. Ang pangunahing materyal para sa pag-aaral ay plema, bronchial secretions, mga paghuhugas na nakuha sa panahon ng bronchial lavage o bronchoalveolar lavage, mga piraso ng tissue sa baga na kinuha sa panahon ng transbronchial, percutaneous o open biopsy. Kadalasan, dahil sa malubhang kondisyon ng pasyente, ang mga manipulasyong ito ay hindi isinasagawa upang maiwasan ang mga komplikasyon.