Ang alloimmune, o isoimmune, neutropenia ng mga bagong silang ay nangyayari sa fetus dahil sa antigenic incompatibility ng mga neutrophil ng fetus at ina. Ang mga isoantibodies ng ina ay kabilang sa klase ng IgG, tumagos sila sa placental barrier at sinisira ang mga neutrophil ng bata. Ang mga isoantibodies ay karaniwang mga leukoagglutinin, tumutugon sila sa mga selula ng pasyente at ng kanyang ama, hindi tumutugon sa mga selula ng ina.